下面的是PPT教程网给你带来的相关内容：

ppt怎么设置点击图片然后进入详细介绍:Metascape实操篇（一）—— 如何进行基因注释、功能富集分析等

hello大家好，小月亮又和大家见面了。上期小月亮给大家详细介绍了在线工具的总览和分析流程。今天小月亮就给大家介绍一下如何使用进行基因注释和功能富集分析等。

在线工具的总览和分析流程文章链接如下：

在线工具网页链接如下：

#/main/step1

在开始讲解之前，小月亮先带大家回顾一下的分析流程：

的分析流程主要分为四步，也称为CAME分析流程：

C： -- input gene into gene IDs of , as rely on gene IDs（ID 基因ID转换）

A： -- for the gene list, , , and .（ 基因注释）

M： -- flag genes of , e.g., flag genes which fall terms that "" as a .（ 用于后续分析的数据库选择）

E: of the gene list -- (, hit lists, etc.) that have -. The also , which canbe used to - .( 功能富集分析)

详细内容见:

在线分析工具主要分为2大部分，共4小部分：

下面就来详细介绍一下这些内容：

单列表分析：顾名思义就是输入文件是一列基因名，蛋白质名称等的单个有效ID列表，工具将对这个列表进行注释和功能富集等分析。

的分析也分为2个可选的分析方法：

Part I - -List ——

建议对分析流程不了解、没有特殊需求、想要快速出结果的使用者首先选择这个分析方法。这个分析方法是开发团队根据经验对分析流程中的数据库和分析参数进行了预设。我们在使用这个分析方法时，不需要进行数据库和参数的选择，只要简单点击几下就可以出结果。

好啦，话不多说我们进入实操：

首先进入分析界面：

然后我对左侧的分析界面部分进行操作：

1）Data 数据上传

上面图片的一些内容字体较小，大家在手机浏览时可点击图片，手动放大查看

数据上传总结：

可以向提交 Gene ID, , Gene , ID, ID, UCSC ID等。

可以选择.xlsx, .xls, .csv或 .txt中的任意一种格式进行提交，文件具体格式见上图或在网站上下载示例文件进行参考。

可以直接粘贴 Gene ID, , Gene 等中的一种，粘贴到图中的粘贴框中进行提交，此部分建议基因较少的时候使用。

下面我们来测试一下上传数据这步：

大家可以点击上图红框中的Gene 进行测试，点击后左侧的粘贴框中就出现了示例的基因，然后我们点击红框中的，这些基因就提交到了系统中。

2） 物种选择

上图中1是Data ，这里不详述，详见上一部分内容。上图中2是Input as ：这步不选择的时候默认是Any ，也就是说我们输入一些Gene ID或者Gene 等，可以根据我们输入的Gene等判断出您输入的Gene的物种，并将其转换为相应的 gene ID。但是不同的物种也有gene 是相同的情况，这样在转换 gene ID时会出现问题。所以建议大家在知道自己输入的基因的物种时，要选好相应的物种。上图中3是 as ：这里面是选择你分析时的物种，很多人都会觉得奇怪，分析时的物种不是应该和我们输入的基因的物种是一致的么？其实我们是可以不同的，这个也是工具的一个非常棒的功能。举个例子，如果我们输入的基因Input as 是小鼠的基因列表，然后我们 as 中选择的分析物种是人，会根据 DB 对我们输入的物种进行同源性转换，也就是小鼠的基因经过同源基因转换，转换为小鼠在人中的同源基因。这个功能是不是棒棒的呢，其实就相当于我们也可以用做同源基因等的转换，是不是棒棒哒。

3）

选择 ，也就是工具默认设置进行分析。

下面我们来测试第2)步和第3)步：

按照上图红框选择好2)步和3)步。经过1），2），3）步的选择，相当于我们操作完了 流程的所有步骤。等待结果就可以啦。

点击 按钮后，下方会弹出一个进度条。网站的分析速度很快，一般几分钟就可以完成分析，具体的分析时间会跟我们提交的基因列表的长度相关。

分析完成后，进度条的上方会出现一个 Page的黄色按钮。点击此按钮，网页会跳转到分析结果界面。

结果界面如上图所示，并提示结果只会保存72hppt怎么设置点击图片然后进入详细介绍，请及时下载。

下面我们看一下具体的结果：

富集通路柱状图

这部分主要是展示过了阈值的富集通路，根据富集通路的P值进行画图，横坐标是将P值进行-log10（P）转换，也就是P值越小，通路的柱子越长。点击下面红框中的PDF按钮，可下载此图片的PDF格式文件。

Gene Lists基因列表统计

这部分是对我们提交到网站上的基因列表的统计，总的基因数目，去掉重复基因（）之后的基因数目。

Gene 基因注释

流程默认的基因注释数据库：

富集通路具体结果

功能富集部分使用的重要参数：

通路：KEGG , GO , Gene Sets, and CORUM

背景基因：全基因组基因

P值：p-value < 0.01

通路包含的最少的提交基因数：3

：>1.5

q-:使用-进行多重检验校正

网页上的结果只展示Top15个通路的结果

用网络图的形式展示富集的terms（通路）之间的关系：会计算富集通路之间的相似度，通路之间相似度>3就会给这2个通路1条边。选择p值最好的20个，每个不超过15个terms（通路），并且总网络不超过250个terms（通路）

terms（通路）网路图如下：

大家可以点击图片下方的PDF下载PDF格式网络图，也可以下载cys 格式文件，这个格式可以直接用打开并进行再次编辑。您还可以点击web按钮，单击此按钮会弹出一个新的网页，在这个网页上也可以对网络进行一些简单的修改。

- 蛋白互作网络

蛋白质相互作用网络图，使用，，三个数据库中的蛋白质互作关系，并用MCODE算法对PPI（蛋白质互作）网络进行聚类，识别其中的，结果如下：

全部看完，我们发现网页上并没有提供完整的结果，这个时候我们可以根据网页最上方的按钮下载结果到本地。

分别点击红框中的三个按钮，可下载excel格式基因列表，PPT格式的基因列表报告，以及点击最后一个按钮，下载所有的结果到本地。

到此， Part I - -List 中的 分析部分就全部介绍完了。下面我们介绍 Part I - -List 中的 部分：

Part I - -List ——

中的1）Data 数据上传和2） 物种选择步骤和 中的前2步相同，这里就不啰嗦啦，直接介绍第3步。

3）

点击 ，会弹出一个新的网页：

首先是进入的ID 界面，具体结果见下方表格，结果很容易看懂，我就不做过多解释了，如果大家有问题可在文章评论区留言，看到我会给大家回复。此部分不需要设置。

点击按钮，下方会出现可以选择的注释的数据库，根据需要选择即可，默认的是网页中画勾的的部分。

选择完数据库后，点击上方的Apply按钮，网页会显示基因注释结果：

点击按钮，下方可选择下一步功能富集分析中使用的term（通路）数据库类别ppt怎么设置点击图片然后进入详细介绍:Metascape实操篇（一）—— 如何进行基因注释、功能富集分析等，可根据需要选择感兴趣的数据库类别。

Apply是灰色，因为这个步骤选择后并没有可展示的结果。

最后一步点击按钮，可设置自定义的阈值，下方也可以详细设置功能富集的通路类别：

然后点击蓝色的 按钮。

看进度条等待结果，结果如下图：

下面的表格是基因在通路中的情况，每行是一个基因，每列是一个通路，基因在这个通路中是1，没有在这个通路中是0.

分析完成后，结果如上图所示。可在网页上直接看功能富集的部分结果。也可以点击Apply,查看功能富集结果。

如想要生成整体的 一样的网页版报告，点击网页上下图中的 Page按钮

然后，网页会弹出一个新的结果界面，和之前 部分的网页结果格式相同，这里我就不赘述了。

好啦，今天的内容就到这里啦！

由于实操的内容较多，本文只介绍了Part I - -List 部分，Part II - Meta-部分将在下一篇文章中介绍。请期待小月亮的下篇文章，我们下期再见啦！

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